Վաղարշակ Զաքարյանը ծնվել է 1955 թ. Երևանում: 1983 թ. ավարտել է Երեւանի պետական կոնսերվատորիան, այնուհետև 1987 թ.՝ ասպիրանտուրան պրոֆ. Էդվարդ Միրզոյանի դասարանում: 

    1980 թ. Մոսկվայում կայացած Կոմպոզիտորների միջազգային մրցույթում նրա «Դաշնամուրի սոնատը» շահել է առաջին մրցանակ: 

    1990-ական թվականների սկզբին տեղափոխվել է Մոսկվա, որտեղ աշխատել է «Պրակտիկա» հրատարակչության երաժշտական բաժնի վարիչ: Հանդիսացել է «The Grove Concise Dictionary of Music» երաժշտական բառարանի ռուսերեն հրատարակման գաղափարի հեղինակն ու իրականացման նախաձեռնողներից մեկը: 

    2003-2007 թթ. աշխատել է Մոսկվայի «Մուզիկա» պետական հրատարակչությունում որպես փոխտնօրեն: 2004 թ. Մոսկվայի Պուշկինի անվան կերպարվեստի թանգարանում կազմակերպել է կորպորատիվ երաժշտական երեկո՝ մի շարք անվանի երաժիշտների, այդ թվում՝ Դենիս Մացուեւի եւ Բորիս Բրովցինի մասնակցությամբ:

    Վաղարշակ Զաքարյանը համագործակցում է լեգենդար երաժիշտ Յուրի Բաշմետի հետ, ինչի արդյունքում 2007 թ. Մոսկվայի կոնսերվատորիայի մեծ դահլիճում տեղի ունեցավ Վ. Զաքարյանի «Ընծա եւ աղերս» ստեղծագործության պրեմիերան՝ «Մոսկվայի սոլիստներ» նվագախմբի եւ Յու. Բաշմետի կատարմամբ: 

    Վաղարշակ Զաքարյանը Ռուսաստանի Կոմպոզիտորների միության Մոսկվայի բաժանմունքի անդամ է: Նրա ստեղծագործությունները կատարվել են Ամերիկայի Միացյալ Նահանգներում, Եվրոպայում եւ նախկին Խորհրդային Միության երկրներում: 

    Նա աշխատում է և՛ կամերային, և՛ սիմֆոնիկ ժանրերում, գրել է նաև երաժշտություն ֆիլմերի և թատերական ներկայացումների համար:

    Ներկայումս բնակվում է Երեւանում: